さくらインターネットで常時SSL化した際に起こる弊害について、
限られた条件下ではありますが、解決法を見つけたので書いておきたいと思います。

まずルートディレクトリになんらかのWEBサイト（WordPressでも何でも）を運用しているとします。
そして下層ディレクトリにWordPressをインストールし、オプションのサブドメインを使用している場合のお話です。

例）test.achoo.jpというサブドメインでルートディレクトリを/achoo/に設定

さくらインターネットのサーバーで共有SSLを利用する場合、SSLを設定できるのは
デフォルトのサブドメインのみです。
オプションのサブドメインで下層ディレクトリをルートディレクトリとしている場合には
対象外となります。
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さくらインターネットではPHPの設定を.htaccessではやらないでください、とのことらしいです。
ということで、サーバーのコントロールパネルからphp.iniの編集にて設定を変更します。

ここで少しハマったのが、複数の独自ドメインで運用していると
そこではコントロールパネルで設定した内容は反映されないようなのです。

どうすれば良いかと言いますと、それぞれのドキュメントルートにphp.iniをアップロードします。
ここで設定すればそのドメイン以下に内容が反映されます。