データベースに指定した名前でテーブルが既に存在するかどうかを
確認することができます。

LIKE検索なので、テーブル名にはワイルドカード（％）を使用することができます。

ここでは例としてPHPを使って確認します。
実行しているのは単純なSQL文ですので、他の言語でも同様にできると思います。

$con = mysql_connect("localhost", "mysql_user", "mysql_password");
mysql_select_db("database", $con);

$sql = "SHOW TABLES FROM [DATABASE_NAME] LIKE '[TABLE_NAME]'";
$rst = mysql_query($sql, $con);

DBは既に接続されているので以下でも可

$sql = "SHOW TABLES LIKE '[TABLE_NAME]'";

if(mysql_num_rows($rst) == 0){
    print "テーブルが存在しません。";
} else {
    print "テーブルが存在します。";
}