PHP-FPMの.user.ini設定を少し深掘りしてみます。

ファイルのアップロード可能な容量制限を変更するとき、次のような設定をすることがあります。

memory_limit = 256M
upload_max_filesize = 10M
post_max_size = 12M

しかし、実はこれうまくいきません。
このうち.user.iniで完全に反映できるのはmemory_limitのみです。
他2つは.user.iniではphpinfo()に反映されても、実際の動作には反映されない可能性が高いです。

なぜupload_max_filesize・post_max_sizeが効かないのか

これらはPHPがファイルやPOSTデータを受け取る前に使われる設定のためです。

post_max_size：PHPがPOSTデータ全体を読み込む前に必要

upload_max_filesize：ファイルアップロード制御も同様にPHPエンジンが処理を始める前に評価

.user.iniは「スクリプトが実行される直前」に読み込まれるため、POSTボディがすでに破棄された後ということになります。

正しい設定方法（PHP-FPM環境）

.user.iniではなくFPMの構成ファイル（www.conf）かphp.iniに設定します。

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さくらインターネットではPHPの設定を.htaccessではやらないでください、とのことらしいです。
ということで、サーバーのコントロールパネルからphp.iniの編集にて設定を変更します。

ここで少しハマったのが、複数の独自ドメインで運用していると
そこではコントロールパネルで設定した内容は反映されないようなのです。

どうすれば良いかと言いますと、それぞれのドキュメントルートにphp.iniをアップロードします。
ここで設定すればそのドメイン以下に内容が反映されます。