OS起動時にアプリケーションを自動的に実行するには、通常ならスタートアップに登録しますが、
アプリケーションから登録したい場合は、レジストリキーに登録する必要があります。

登録するキーは以下のようになります。

起動時に毎回実行する場合
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run

次回起動時に1度だけ実行する場合
Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce

レジストリキーを開きます。
第1引数は設定するキーのパス、第2引数は書き込み可能な状態で開くかどうかを指定します。

Microsoft.Win32.RegistryKey regkey =
    Microsoft.Win32.Registry.CurrentUser.OpenSubKey(
    @"Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\RunOnce", true);

キーに値を設定します。
第1引数はアプリケーション名、第2引数は実行ファイルまでのパスです。

regkey.SetValue(Application.ProductName, Application.ExecutablePath);

キーを閉じます。

regkey.Close();

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