TableViewやCollectionViewを使っているとき、タップしたセルによって遷移するシーンを分岐したい時の方法をご紹介します。
今回はCollectionViewを使っています。

以下の画像のような状態にしたいと思います。

通常、セルからcontrol＋ドラッグでセグエを設定するかと思いますが、それだとどちらかのシーンにしかセグエを設定できません。
そのため、View Controllerからセグエを設定します。

ドキュメントアウトラインにてView Controllerを選択し右クリックします。
[Triggered Segues]-[manual]の＋をcontrol＋ドラッグし遷移したい１つ目のView Controllerでドロップします。

表示方法はShowを選択。

同様に２つ目のView Controllerにも設定します。

すると先ほどのTriggered Seguesのところに２つのView Controllerへのセグエが表示されます。

出来たセグエを選択し、それぞれにIdentifierを設定します。
ここでは１つ目が「Table」、２つ目が「Map」とします。
遷移元のViewController.swiftに以下のコードを追記します。

func collectionView(_ collectionView: UICollectionView, didSelectItemAt indexPath: IndexPath) {
    if [条件] {
        performSegue(withIdentifier: "Table", sender: self)
    } else {
        performSegue(withIdentifier: "Map", sender: self)
    }
}

以上で完成です。

Xcode: 8.3.1
Swift: 3.1
OS: Sierra 10.12