PHP-FPMの.user.ini設定を少し深掘りしてみます。

ファイルのアップロード可能な容量制限を変更するとき、次のような設定をすることがあります。

memory_limit = 256M
upload_max_filesize = 10M
post_max_size = 12M

しかし、実はこれうまくいきません。
このうち.user.iniで完全に反映できるのはmemory_limitのみです。
他2つは.user.iniではphpinfo()に反映されても、実際の動作には反映されない可能性が高いです。

なぜupload_max_filesize・post_max_sizeが効かないのか

これらはPHPがファイルやPOSTデータを受け取る前に使われる設定のためです。

post_max_size：PHPがPOSTデータ全体を読み込む前に必要

upload_max_filesize：ファイルアップロード制御も同様にPHPエンジンが処理を始める前に評価

.user.iniは「スクリプトが実行される直前」に読み込まれるため、POSTボディがすでに破棄された後ということになります。

正しい設定方法（PHP-FPM環境）

.user.iniではなくFPMの構成ファイル（www.conf）かphp.iniに設定します。

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特定のディレクトリでPHPの設定を変更するため、.htaccessを作成し以下のように設定していたら500 Internal Server Errorが発生しました。

php_value memory_limit 128M
php_value max_execution_time 0

調査したところ、PHP動作モードがFPM(FastCGI Process Manager)であることが原因でした。
phpinfoのServer APIがFPM/FastCGIになっている場合です。

どうやらPHP-FPMでは.htaccessにphp_valueを使った設定変更が出来ないようなのです。
※.htaccess自体が使えないわけではありません。

解決法

CGI版で使用できる設定ファイル.user.iniを使います。

設定例は以下のようになります。

memory_limit 128M
max_execution_time 0

Apacheの設定で.user.iniへのアクセスを拒否する設定があるか確認、なければ設定しておいてください。