PreferenceActivityのonCreateで処理します。
例では条件を何も指定していませんが、任意に条件を指定して実装してください。

例）チェックボックスの設定項目を無効化

PreferenceScreen prefScreen = getPreferenceScreen();
CheckBoxPreference checkboxPreference = 
    (CheckBoxPreference)prefScreen.findPreference("key");
checkboxPreference.setEnabled(false);

子項目として親項目と依存関係を持たせる場合

PreferenceScreen prefScreen = getPreferenceScreen();
CheckBoxPreference checkboxPreference = 
    (CheckBoxPreference)prefScreen.findPreference("key");
checkboxPreference.setDependency("親項目のkey");

xmlで指定

android:dependency="親項目のandroid:key"