Windowsにはバックアップに便利な「xcopy」というコマンドがあります。

xcopy "c:\src" "c:\backup" /s /d /h /r /y

オプション（一部）

/s	ファイルが存在する場合のみディレクトリごとコピー
/d	コピー先に同名のファイルが存在する場合に更新日が新しいファイルのみコピーする
/h	隠しファイルやシステムファイルも全てコピーする
/r	読み取り専用属性のファイルも上書きコピーできるようにする
/y	同名のファイルが存在する場合、上書きの確認を行わない