PHP-FPMの.user.ini設定を少し深掘りしてみます。

ファイルのアップロード可能な容量制限を変更するとき、次のような設定をすることがあります。

memory_limit = 256M
upload_max_filesize = 10M
post_max_size = 12M

しかし、実はこれうまくいきません。
このうち.user.iniで完全に反映できるのはmemory_limitのみです。
他2つは.user.iniではphpinfo()に反映されても、実際の動作には反映されない可能性が高いです。

なぜupload_max_filesize・post_max_sizeが効かないのか

これらはPHPがファイルやPOSTデータを受け取る前に使われる設定のためです。

post_max_size：PHPがPOSTデータ全体を読み込む前に必要

upload_max_filesize：ファイルアップロード制御も同様にPHPエンジンが処理を始める前に評価

.user.iniは「スクリプトが実行される直前」に読み込まれるため、POSTボディがすでに破棄された後ということになります。

正しい設定方法（PHP-FPM環境）

.user.iniではなくFPMの構成ファイル（www.conf）かphp.iniに設定します。

1. FPMプール設定：www.conf

   php_value[upload_max_filesize] = 10M
   php_value[post_max_size] = 12M
   php_value[memory_limit] = 256M
   

2. .user.iniで可能な範囲で設定する場合

   ; /path/to/your/webroot/.user.ini
   memory_limit = 256M
   ; 以下は表示されるが動作に反映されない可能性あり
   upload_max_filesize = 10M
   post_max_size = 12M
   

   ただし、前述の通りこれではアップロード制限などには影響しません。

まとめ

補足1：.user.ini で効かない典型的な設定

補足2：.user.ini の用途に向いている設定